《宝可梦 水晶》是 GAME FREAK 于 2000 年推出的第二世代加强版，承袭原版《金/银》剧情，于 Game Boy Color 平台发售，是 GBC 末期最为人熟知的宝可梦作品。
玩家回到灵感源自关西与东海道地区的城都地区，本作首次引入水君主线剧情——三圣兽中唯一保有完整主线的水君，由"水君监视者"水松先生追踪，玩家可在城都各地点遭遇水君。
系列首次允许玩家选择男主角或女主角，并加入移动万能机联动《宝可梦竞技场2》、动画过场、剧情动画等多媒体内容，被誉为 GBC 时代最具诚意与艺术性的宝可梦作品。
原版御三家回归 · GBC 时代经典
Chikorita · 叶子宝可梦
草属性，温柔乖巧的小叶子。最终段大菊花以花环颈饰为标志，攻防平衡耐抗性出众。
Cyndaquil · 火鼠宝可梦
火属性，安静坚毅的小火焰鼠。最终段火爆兽以背脊火焰为武器，特攻与速度双优。
Totodile · 大颚宝可梦
水属性，调皮活泼的小鳄鱼。最终段大力鳄以利齿咬合为招牌，物攻与抗性突出。
水君主线 · 女主角 · 移动万能机 · 动画过场
系列首次为单只传说宝可梦"水君"独立主线剧情，玩家可在城都各地遭遇水君，最终在烧焦塔正面挑战。
系列首次允许选择男主角"金"或女主角"琴音"，两位主人公造型独立，开创系列惯例。
联动"宝可梦移动万能机 GB Mobile"，与《宝可梦竞技场2》联机，可获取独占道具与神秘礼物。
系列首次引入开场动画过场、剧情定格画面、宝可梦出场动画等多媒体表现，GBC 极限演出。
三圣兽之一 · 城都唯一主线传说
水君是城都三圣兽之一，象征"北风"。在烧焦塔三圣兽苏醒后，水君独自离开，并在城都各地游走，留下清澈的水流痕迹。
玩家需在水松先生的协助下追踪水君踪迹，于城都各地多次遭遇，最终可在烧焦塔正面对决。这是系列首次为传说宝可梦设计完整追踪主线。