《宝可梦 红宝石》、《宝可梦 蓝宝石》是第三世代正作，2002 年 11 月 21 日登陆 Game Boy Advance，绿宝石加强版于 2004 年 9 月 16 日推出。
舞台是丰缘地区，灵感源自日本九州，以火山、海洋与茂密丛林交织的热带风貌著称。玩家从未白镇出发，从小田卷博士手中领取御三家，挑战 8 道馆。三大传说掌管大地 / 海洋 / 天空——固拉多、盖欧卡、烈空坐。
本作引入划时代系统：首次出现双打对战（2v2），新增特性与性格让每只宝可梦独一无二，配合火山、海洋、沙漠等丰富环境，开启全新战术维度。
从小田卷博士手中领取你的伙伴
Treecko · 木守宫宝可梦
草属性御三家，壁虎造型灵活机敏，最终进化蜥蜴王以高速度与草系爆发闻名。
Torchic · 雏鸡宝可梦
火属性御三家，娇小雏鸡活力满满，最终进化火焰鸡以火/格斗双系高攻见长。
Mudkip · 沼鱼宝可梦
水属性御三家，沼鱼造型可爱，最终进化巨沼怪以水/地面双系高耐久为核心。
系列首次引入 2v2 双打对战，配合、属性克制、目标选择策略翻倍。
每只宝可梦拥有特性与性格，赋予被动效果与能力倾向，让个体差异更丰富。
烟囱山火山、海底洞窟、沙漠遗迹等环境冒险，天气战与场景互动深入。
大地 · 海洋 · 天空
Groudon · 红宝石独占
大陆宝可梦，掌管大地与火山，以干旱特性扩展陆地，引发大地之争主线。
Kyogre · 蓝宝石独占
海底宝可梦，掌管海洋与暴雨，以降雨特性扩张海域，引发海洋之争主线。
Rayquaza · 绿宝石核心
天空高位宝可梦，镇守大气层，平息大地与海洋之争，绿宝石版主线核心。